什么才是生物质能源的真正优点？也许这是熟悉生物质能源的人都不屑回答，“ 绿色、清洁、可再生、原料来源丰富 ” 都是生物质能源的优点，不胜枚举。其实，生物质能源的真正优点不是这些。
生物质能源不够绿色
生命百科全书 (EncyclopediaofLife) 计划主持人，美国洛克菲勒大学的 JesseAusubel 曾在 NuclearGovernanceEconomyandEcology 上撰文说：于其他可再生能源相比，核能才是最 “ 绿色 ” 的能源形式。Ausubel 分析了每种所谓的可再生能源在单位面积内的能源产出，他也比较了这些可再生能源与核能对自然的单位面积破坏情况。从单位面积的能源产出看，核能更比这些可再生能源有着难以比拟的优势。在此基础上，Ausubel 认为可再生能源难以从规模经济中获益，而这恰是核能的优势所在。因为要获得更多的可再生能源的话就需要更多的土地，而风力、水力、生物能、太阳能所需的场地又是有特定要求的。至于生物质能源，其能源产出效率更低，“ 用生物能驱动一部汽车，需要 1 到 2 亩公顷草场来提供动力 ”。
生物质能源不够清洁
所谓生物质能源的清洁性指的是在燃放过程中产生的二氧化碳，可被等量生长的植物光合作用吸收，实现二氧化碳零排放，这对减少大气中的二氧化碳含量及降低 “ 温室效应 ” 极为有利。这只是关注了生物质能源成品的燃放过程，如果把生物质能源从来源、运输、加工、使用整个过程综合起来考虑，生物质能源未必是最清洁的能源。诺贝尔奖得主保罗 · 克鲁岑的一项研究表明，官方估计的数字忽略了氮肥所起的作用。氮肥产生的温室气体一氧化二氮的威力是二氧化碳的 296 倍。单是这些气体就足以让玉米制成的乙醇产生的温室效应是汽油的 0．9 到 1．5 倍，而油菜籽油 (全球超过 80%的生物柴油的原料) 产生的温室效应则是普通柴油的 1 到 1．7 倍。而且这还没有将改变土地用途所造成的影响计算在内。
生物质能源不是真正的可再生
单从生物质原料上来讲，生物质资源是可再生资源，但是，地球上可耕种、可用作植物生长土地总的数量是有限的，发展生物质能源需要大量的植物原料供给，它的快速增长势必会减少其他作物生长的空间。“ 非粮 ” 作为成为发展生物质能源的原料来源已经成为全世界生物质能源发展的基调，虽然生产的粮食已经不再直接作为生产生物质能源的原料，但是用于生长生物质能源的原料作物所挤占的空间则是不可再生的，这是一个零和的结果。美国《科学》周刊上的一篇论文说，以 30 年为计算单位，保护未耕种土地所减少的碳排放量是耕种土地并种植生物燃料作物减少的碳排放量的 2 到 9 倍。去年，据 IMC 研究机构估计，英国和欧洲设定的目标是，让生物燃料所占的比例达到 5%，如果其他国家也这样做，那么全球耕种的土地面积会扩大 15%。这意味着大多数热带森林都将不复存在。这可能还会导致气候出现难以控制的变化。
生物质能源原料来源不够丰富
发展生物生物质能源所使用的植物原料可谓丰富多样，利用形式繁多。但是，在目前技术条件下，真正既能够大规模生长，转化率又很好的作物可谓少之又少。人们寄予很大希望的是南方能够四季生长、转化率还不错的作物，如广西生产的木薯、云南等地的膏桐等。但是，这些作物提供的所有能源也只够当地小范围内利用加工，远距离运输的成本相当大。况且，除去生产粮食的土地、不适宜作物生长的气候、不能生长作物的土地形式等因素，其实真正可供用于生产生物质能源的部分并不丰富。除去专门种植的生物能源以外，世界上还有丰富的农林废弃物可资利用，但是一方面存在分散，集中收集成本太高；另一方面，在现有技术下，其效能转化率不容乐观，也不会作为生物质能源发展的主要方向。
有人说这样的分析太锱铢以较，纵使生物质能源有一千个优点也能说出一千个不足来。其实，我们还没有明白生物质能源的真正的优点是什么。生物质能源真正的优势在于它的综合利用优势，就像学生考试一样，纵使每一科都不是第一，但是总分能却能够取得第一，生物质能源也一样。生物质能源不可能完全代替现有的世界能源格局，但是它是目前人们最能够适应和控制的替代能源形式, 而且其产品利用形态和传统石化能源相近，这种心里和技术上的相近性也成为生物质能源发展重要原因。
