潮汐电站不但会改变潮差和潮流，还会改变海水温度和水质，改变程度的大小取决于电站规模与地理位置。据预测，加拿大芬地湾潮汐电站项目会使几百公里内的沿海潮差受到影响。各个电站的效益和影响因地而异，并且有一部分会相互抵消。拦潮坝对水库区生态既有有利影响，也有不利影响。如它会为水产养殖提供适宜的条件，但同时也会对地下水和排水等带来不利影响，并会加剧海岸侵蚀。潮汐电站会影响鸟类生长环境及种群的生存。这些影响的程度也因地而异。在已调查过的坝址中，大部分都是具有国家和国际意义的鸟类栖息地，但目前还没有充分的证据证明这些坝址区特殊的生态特征消失后不会影响栖息在那里的鸟类种群。同时也没有发现在沿海的其他地方有适应这一些鸟类生存的环境。
当然，不能因为潮汐电站建设对候鸟或当地鸟类的影响而笼统地反对开发利用潮汐能资源。但是为了尽量避免或减小任何潜在的问题，必须对每个待开发的坝址进行环境影响研究。从已调查研究过的大部分坝址来看，还没有找到能避免或减轻这些不利影响的合理办法。由于这些环境问题，位于湿地的坝址的开发将会受到限制。另外由于水轮机的运转可能会导致鱼类死亡，并会妨碍溯河产卵的鱼种的溯游，因此潮汐电站也对鱼类有着潜在影响。减少这些影响的办法并不是没有，但需要通过深入研究来寻找既经济又有效的方法。英国塞文河和加拿大芬地湾潮汐电站的设计中都考虑了鱼类死亡问题。
而在法国朗斯潮汐电站，只是最近才发现有导致鱼类死亡的迹象，但到目前为止还没有任何证据证明朗斯电站对鱼类造成了重大影响。建造拦潮坝给河口带来的最基本问题也是大坝对环境的影响问题。在世界各地，荒凉而布满岩石以及生态不发达的坝址甚少。因此要想在河口建造对环境不产生严重负影响的潮汐电站，就应等待今后出现不用建坝就能发电的技术。另外，为了避免电站在低水位时影响景观，应选好水轮机的位置，使它始终置于水下的近岸处。同时还需要研究减少或避免鱼类死亡或其他种群减少的有效方法。如果想用潮汐能取代碳水化合物燃料，那么这 些潮汐能电站应不产生污染，并且大部分都应有良好的环境效益。
