蓝碳资源的开发离不开自然科学原理的指引。在蓝碳活动中，“ 固碳 ” 和 “ 储碳 ” 是两个既相互联系又各自独立的过程。海洋生态系统对二氧化碳的吸收是通过基于物理化学作用的 “ 碳酸盐泵 ” 和基于生物作用的 “ 有机泵 ” 机理共同完成的，但经 “ 碳酸盐泵 ” 固定的碳极易因后续的物理化学作用而重新转化为温室气体排放到大气中，只有经 “ 有机泵 ” 的固定且转化为有机碳的部分会伴随食物链向下传递从而长期封存在深海中。
因此，在海洋生物固定的所有蓝碳中，只有被海洋生态系统长期固定下来的才具有生态价值及经济价值，才能成为碳市场中碳汇交易的客体。按类型来划分，蓝碳包括渔业碳汇和沿海生态系统碳汇两种。其中，渔业碳汇主要利用近海渔业养殖的方式来吸收二氧化碳，例如藻类、贝类、滤过性鱼类的养殖，并通过海产品的收获移出 “ 储存碳 ” 的过程。而沿海生态系统碳汇则是指通过红树林、海藻床、盐沼等生物体吸收、固定和储存二氧化碳。
