在 2007 年生物质锅炉执行的是参照 2003 年的《火电厂大气污染物排放标准》（GB13223-2003），氮氧化物、二氧化硫和烟尘含量分别不得超过 200mg/m³、100mg/m³、50mg/m³。彼时实现这一排放标准并不困难，而从 2013 年开始，全国 19 个省 (区、市) 的 47 个地级及以上城市被列入重点控制区，火电、钢铁、石化、水泥、有色、化工等六大重污染行业及燃煤工业锅炉实施特别排放限值。氮氧化物、二氧化硫和烟尘的排放标准分别为 100mg/m³、50mg/m³ 和 20mg/m³。
虽然这与氮氧化物含量 50mg/m³、二氧化硫 35mg/m3和烟尘 5mg/m³ 的 “ 超低排放 ” 仍有差距，但对生物质锅炉而言却是不小的挑战。而在浙江、山东等省份的部分地区，与煤炭 “ 超低排放 ” 一视同仁的规则更让生物质企业深感不易。最难达标的环节在氮氧化物的处理上。目前，脱硝环节最主流的两种技术是选择性催化还原（SCR）和非选择性催化还原（SNCR）。小型装置可以直接氧化加压碱液吸收，理论上都能减少氮氧化物的排放，甚至达到 “ 超低排放 ” 的标准。
但在实际应用中，生物质锅炉烟气中含碱金属、重金属等，采用选择性催化还原脱硝，易造成催化剂中毒甚至失效，还原剂同样会造成尾部受热面腐蚀以及堵塞，对温度窗口要求严格，炉温波动会造成脱硝效率低，无法达到超净排放要求。当前全国生物质燃料供热规模仍较小，而目前国内的脱硝设备大多是针对大型燃煤电厂，两者规模相差太大，其成本对生物质企业来说也就相对难以承受。
