无论是 EV 还是 FCV，电池系统都占了整车的大部分成本，动力电池系统占整车成本约 40%，燃料电池系统占 50%。
在整车成本方面。在国家补贴基础上，纯电动汽车已经较为普及，其价格与普通燃油车接近。但是燃料电池汽车仍然较为昂贵，单电池系统成本就达到了 1000 美元 /KW，长远看需降到 50 美元 /KW 才能大规模发展。
在消耗成本方面。纯电动汽车按照每度电价 0.5 元计算，每天行驶 200km 情况下，电费为 18 元左右，每公里 0.09 元。燃料电池汽车，按氢单价 40 元 /kg 计算，一次加满跑 500 公里，每公里 0.4 元，消耗成本远高于纯电动汽车。
因此燃料电池汽车相对纯电动汽车成本没有优势，同时都有一定的成本降低空间。
