PEM 电解槽制氢成本高于碱性电解槽，主要是 PEM 电解槽采购成本太高，每年的折旧成本太高。设备折旧成本占到总成本的 44%，电耗成本占到 50%，所以降低成本还是要从这两方面入手。
随着电费的下降，电力成本在总成 本中的比重逐渐下降，氢气成本也逐渐降低。当电费分别为 0.13 元 / kWh 和 0.2 元 / kWh 时，氢气成 本分别为 2.4 元 /Nm3 和 2. 71 元 /Nm3，成本占比分别为 24% 和 33%。与碱性电解槽制氢成本相比，仍有一定差距，主要在于 PEM 电解槽价格太贵，折旧成本太高。
通过对过去几十年 PEM 电解槽的成本分析，PEM 电解槽的平均学习率为 13%，至 2030 年 1000 Nm3/ h 的 PEM 电解槽价格预计为 1500 万元，至 2050 年约为 500 万元。随着电解槽成本的下降，氢气成本和折旧在成本的占比也同步下降，如果其他条件不变，至 2030 年和 2050 年，PEM 电解槽设备成本为 1600 万元和 500 万元，氢气成本分别为 2.86 元 /Nm3 和 2.31 元 /Nm3，设备折旧在成本中的占比分别为 30% 和 13%。虽然相比目前价格基准大幅降低，但与碱性电解槽相比仍不具有价格优势。
