深度调峰的机会成本也应纳入火电灵活性改造的成本中加以考虑。火电机组进行深度调峰，意味着发电收益的损失，即由于深度调峰而损失的潜在发电收益，反映其为获得深度调峰而放弃的发电收益。由于不同电厂的盈利情况存在差异，机会成本将有所不同。
火电灵活性改造的收益主要包括减少的调峰分摊费用和获得的调峰补偿费用两部分。在改造之前，供热火电机组往往运行在深度调峰标准之上，需要分摊其他深度调峰机组的补偿费用，进行改造之后，该部分费用将消失，形成机会收益。
随着改造深度增加，火电机组可运行至深度调峰区域，可获得深度调峰补偿。根据调峰深度不同，调峰补偿标准也不相同，以东北为例，最高可到 1 元 /kW·h。
