根据国家能源局在 2017 年底发布的《关于政协十二届全国委员会第五次会议第 4253 号提交答复的函》，可再生能源补贴拖欠的原因主要在于可再生能源补贴资金应收尽收的难度较大，实际征收率仅 85% 左右，缺口主要是自备电厂未足额缴纳电价附加基金。
实际征收的额度远小于理论上的征收额度，导致我国可再生能源发展基金一直面临着较大的缺口。数据显示，2012 年至今，可再生能源附加的实际征收量比理论量少了 1361 亿元。而 “ 十二五 ” 期间自备电厂拖欠的可再生能源电价附加约为 400 亿元。由此可见，可再生能源补贴资金缺口大，很大一部分原因是自备电厂的拖欠。
